Он отличается от обычного Шиппудена:

Начнем с того, что Саске сам вернулся от Орочимару в Коноху, где его дотаточно тепло встретели.
Т.е. Орочимару жив, здоров, и жутко зол - он хочет тело Саске.
Сакура не убила Сасори - тот сбежал.
Гаара не лишился Шукаку - миссия провалилась.
Наруто изобрел Разенган-Сюрикен.
Джирая жив.
Сай входит только в АНБУ и не знаком с ребятами - ведь команда #7 в полном составе.
Асума выжил благодаря Ино.

Теперь главное:

Коноха узнала цель Акацук, и хочет их полностью ликвидировать. Тогда Акацуки взялись за свою миссию всерьез. Они поняли, что если не уничтожить Коноху и Суну,  могут уничтожить их. И поэтому они создали союз -Акацуки; Деревня Звука; Аме; Деревня Камня. Даже предателя Орочимару они простили, решив, что отмостят ему позже... Но Коноха тоже не жалела времени и сил, и по примеру они создали "светлый союз" - Коноха; Суна; Куса; Деревня Водопада; Деревня Звезды. Теперь эти силы поняли, что не могут существовать спокойно, пока есть они...